Seiring dengan keberadaannya Program Studi Magister Manajemen telah dievaluasi dan dinilai oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) untuk pertama kalinya dan mendapat Akreditasi Unggul (U) pada tahun 2000. Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) pada tahun 2005 kembali memberikan Akreditasi A kepada program studi Magister Manajemen hingga Pada tahun 2022 dan pada Saat ini tahun 2022 hinggal 2027 Badan Akreditas LAM-EMBA (Lembaga Akreditas Mandiri Ekonomi Manajemen Business dan Akutansi) telah memberikan Akreditasi UNGGUL pada Program Studi Magister Manajemen Fakultas Ekonomi dan Bisnis Universitas Trisakti.

Program Studi Magister Manajemen Fakultas Ekonomi dan Bisnis Universitas Trisakti (Prodi MM) Usakti merupakan Prodi Magister Manajemen pertama yang dikelola oleh perguruan tinggi swasta. Seiring berjalannya Prodi MM telah dievaluasi dan dinilai oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) untuk pertama kalinya dan mendapat Akreditasi Unggul (U) pada tahun 2000. Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN- PT) pada tahun 2005 kembali memberikan akreditasi A kepada Prodi MM melalui Surat Keputusan 013/BAN-PT/Ak-IV/S2XII/2005 tertanggal 27 Desember 2005. Penilaian ini berlaku sampai dengan tanggal 27 Desember 2010 Selanjutnya pada tahun 2011, Badan Akreditasi Nasional Pendidikan Tinggi memberikan penilaian dengan Akreditasi A melalui Surat Keputusan 018/BAN-PT/Ak-VIII/S2/I/2011 tertanggal 7 Desember 2011. Ketentuan penilaian ini berlaku sampai dengan tanggal 7 Desember 2015. kemudian pada 20 juni 2017 berhasil kembali mendapatkan peringkat Akreditas A melalui Surat Keputusan 2101/SK/BAN-PT/Akred/M/VI/2017 yang berlaku sampai 20 Juni 2022. lalu pada tanggal 31 Desember 2022 Program Studi Magister Manajemen Mendapatkan Hasil Akreditas UNGGUL dari LAM-EMBA (Lembaga Akreditas Mandiri Ekonomi, Ekonomi, Manajemen Bisnis dan Akutansi) sampai saat ini dengan berakhirnya pada tanggal 31 Desember 2027 melalui surat keputusan LAM-EMBA Nomor 167/DE/A.5/AR.10/XII/2022.